Ctibor Novák se narodil 25. 10. 1902 v Praze. Jeho rodiče byli dobře situovaní středostavovští měšťané. Otec Ing. Leopold Novák pracoval jako geometr, matka Emma Nováková byla v domácnosti. Rodina bydlela na Moravě (konkrétně v Olomouci). Po maturitě na reálce se Ctibor rozhodl pro kariéru vojáka. Absolvoval Vojenskou akademii v Hranicích a dělostřelecký výcvik v Olomouci. Jeho další životní dráhu výrazně ovlivnila známost a pozdější sňatek (1929) sestry Zdeny s Josefem Mašínem starším (významná postava protinacistického odboje ze skupiny „Tří králů“ spolu s J. Balabánem a V. Morávkem).
Poprvé vstoupil do stavu manželského rovněž v r. 1929, kdy se oženil s Marií Veselskou. Z tohoto svazku se narodily dvě děti: v r. 1931 dcera Míla a v r. 1932 syn Ctibor. Manželství však nemělo dlouhého trvání a již v roce 1934 skončilo rozvodem.
Poměry v armádě po mnichovském diktátu přiměly Ctibora Nováka k odchodu z činné služby v hodnosti štábního kapitána. Podle svědectví přátel z armády a bývalých spolužáků z vojenské akademie (pplk. K. Préma, gen. J. Studlara) podnikl mnohé kroky (např. změna českého křestního jména Ctibor na německé Anton a příjmení na Nowak), aby získal důvěru německé branné moci, měl přístup k informacím a mohl působit ve prospěch polské a československé zpravodajské služby v Londýně. Výše uvedení svědci potvrdili po skončení války jeho rozhodující podíl na diverzních akcích proti strategickým cílům v Berlíně. Poté se půda v hlavním říšskoněmeckém městě stala pro Ctibora Nováka příliš horkou. Při přechodu jugoslávských hranic byl zatčen a dopraven do Prahy na Pankrác a po deseti měsících tvrdých výslechů zpět do Berlína. Spojitost s diverzními akcemi se Novákovi prokázat nepodařilo, ale podezření ze špionážní činnosti vedlo k jeho odsouzení na šest let káznice. Dočkal se osvobození v r. 1945, ale jeho zdraví mezitím trvale poznamenaly výslechy a strádání v káznici.
Na přelomu let 1945–1946 zastával funkci velitele čtyř internačních táborů pro Němce na Jesenicku. Byla to temná stránka jeho kariéry: s jeho souhlasem bylo popraveno několik osob německé národnosti. Následně bylo proti němu zahájeno kárné řízení, zastavené posléze na pokyn Bedřicha Reicina. Tehdejší vypjatě protiněmecké poměry charakterizuje další prohřešek kladený Novákovi za vinu. Zasadil se o provedení „změny národnosti nastávající manželky a tchyně z německé na českou na základě neznámou cestou získaného Osvědčení o národní spolehlivosti nevěsty“ (jednalo se o Janu Hänichovou, rozenou Melcherovou, se kterou se oženil v r. 1946. Jejího syna Richarda přijal za vlastního a vychovával ho jako Vladimíra Nováka).
Vzhledem k očistě armády od „reakčních živlů“ a ke zhoršujícímu se zdravotnímu stavu byl v r. 1950 v hodnosti majora poslán do výslužby. V letech 1951–1953 pracoval jako recepční ve vojenské zotavovně v Karlových Varech a jako trafikant v Jeseníku. Do tohoto období spadají jeho četné kontakty se synovci Ctiradem a Josefem Mašínovými a s jejich odbojovou skupinou na Poděbradsku. Hodnocení role Ctibora Nováka v aktivitách bratří Mašínů v dostupných pramenech nebo svědectvích pamětníků není zcela jednoznačné. Pravděpodobně působil spíše jako „technický poradce“ a snažil se synovce mírnit, zejména poté, co byl v r. 1951 společně s nimi zatčen a vyšetřován StB ve spojitosti s obviněním z přechovávání zbraní a napomáhání k ilegálnímu opuštění republiky. Tehdy jej ještě propustili pro nedostatek důkazů.
Ovšem v září 1953 byl zatčen znovu, záhy poté, co bratři Mašínové společně s M. Paumerem, V. Švédou a Z. Janatou opustili republiku při útěku do západní zóny Německa. Tentokrát již „třídnímu pojetí spravedlnosti“ neunikl. Když se StB nepodařilo uspět se žádostmi o vydání bratří Mašínů, došlo ve vedení vyšetřování a přípravě procesu k posunu: Ctibor Novák se měl stát jeho ústřední postavou, inspirátorem aktivit skupiny a podněcovatelem ostatních mladistvých účastníků ke špionáži ve prospěch imperialistických mocností. „Trestní věc proti Ctiboru Novákovi a spol.“ soudil Nejvyšší soud v Praze (předseda senátu JUDr. Jan Novák, prokurátor JUDr. Václav Šáňa) po více než rok trvajícím vyšetřování ve dnech 25.–29. 1. 1955. V procesu figurovalo celkem sedmnáct obviněných a tři z nich včetně Ctibora Nováka byli odsouzeni k trestu smrti (trestný čin velezrady podle § 78, odst. 3 písm. d, zák. č. 86/50), který byl vykonán dne 2. 5. 1955.
Ani matce Emmě Novákové nebylo umožněno syna před popravou navštívit, přestože o to opakovaně žádala. Jeho sestra Zdena Mašínová byla odsouzena za spoluúčast ve „zločinném spiknutí proti republice“ v samostatném procesu na 25 let. Již tehdy byla velmi vážně nemocná a zemřela ve vězení necelý rok po vynesení rozsudku. Zbytek rodu Novákových a Mašínů byl vystaven trvalému tlaku a provokacím StB.